抗体发明的专利授权难点(五):功能+结构限定之参数+序列同源性
TiPLab初
2022-04-22

功能+结构特征限定的抗体权利要求是指在描述了抗体所具有的功能或者效果,如性能参数的基础上,进一步从物理属性描述抗体,增加部分结构和组成特征,如CDR序列同源性等。今天我们来看看功能特征-抗体参数,结合抗体结构特征-序列同源性限定的抗体权利要求在授权过程中可能遇到的挑战。

抗体发明中,纯功能特征限定的抗体权利要求审查尺度趋于严格。在审查过程中,申请人往往不会直接限定到抗体序列这类较窄范围的纯结构特征限定的权利要求,会尝试寻求一个中间层次,进一步限定部分结构特征,以期望克服“权利要求得不到说明书支持”或“创造性”问题。下面我们就来看看这种功能+结构特征限定的抗体权利要求在授权过程中可能遇到的问题。

案件背景

本次案例涉及申请号为200980123825.X,名称为“抑制TNFα的稳定和可溶的抗体”的发明专利申请。本申请涉及通过对抗体框架区的氨基酸进行改变进而得到稳定、可溶的特异性结合TNFα的抗体。实审阶段审查员以“权利要求得不到说明书支持”驳回了该专利申请,复审委维持了该驳回决定。

驳回决定

驳回所针对的权利要求1要求保护一种特异性结合人TNFα的抗体,采用功能+结构的限定方式,功能部分限定抗体亲和力参数,结构部分限定抗体特定CDR序列和抗体重轻链框架区序列,其中框架区部分通过同源性进行限定-“至少90%的同源性”,也就是该权利要求想要涵盖具有固定CDR序列、不同框架区序列的特定亲和力的TNFα抗体

驳回决定所针对的权利要求1
驳回决定所针对的权利要求1

审查员认为上述权利要求1中的框架区同源性限定意味着在原序列的基础上可以存在缺失、增加或取代等变化方式,涵盖了大量变体,而本申请说明书实施例仅提供了部分抗体的效果实验数据

根据本申请说明书公开的内容,本领域技术人员无法确定框架区的其他改变将会对所述抗体的结合特异性、稳定性和可溶性产生何种影响,何种变体仍然具备稳定、可溶并且具有≤1nM的针对TNFα的KD是难以预期的。

因而,权利要求1中包括了申请人推测的内容,而其效果又难以预先确定与评价,得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。

申请人争辩

针对上述驳回理由,申请人进一步限定,提高序列同源性至95%以上,且限定变体部分是保守置换,母本序列为实施例验证过的重轻链框架区序列。

修改后的权利要求1
修改后的权利要求1

申请人认为新的权利要求1能得到说明书的支持,原因在于:

1) 权利要求1明确限定了6个具体CDR,抗体的结合特性主要由CDR区域决定,因此,有理由相信权利要求1的抗体具有预期的结合特性。

2) 权利要求1已经限定到至少95%序列同源性,意味着最多4个氨基酸的改变,而且限定为保守替代,总的限制结果是轻链和重链框架区有至多4个保守取代。实施例部分已经验证了多个不同的重轻链框架区序列,且证明了多个影响抗体可溶性以及稳定性的框架区氨基酸突变位点,本领域人员将会合理预期,保守置换将不会显著改变抗体的结合特征。

争议点

本案例的争议点在于1)在权利要求已经限定 i. 抗体固定CDR序列,ii. 特定亲和力参数,iii. 框架区保守突变的基础上,结合2)实施例已经证明了部分框架区变体能够具有相应亲和能力,能不能够合理推断出实施例没有证明的具有其他框架区变体的抗体也能具有上述的亲和能力呢?

对于此,合议组认为基于实施例记载内容不能合理预期,修改后的权利要求1仍不满足A26.4。

有限的框架区变体不能合理推断其他变体功能

实施例记载有限的框架区变体

本申请的目的是提供在体外和体内特异性结合TNFα的稳定和可溶的抗体或其他片段,其包含就稳定性、溶解性以及对TNFα的体外和体内结合进行最优化的特定轻链和重链序列。本申请说明书实施例仅提供了以下几组不同重轻链框架区的效果实验数据:

1) 轻链可变区框架和重链可变区框架分别为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2的scFv;

2) 轻链可变区框架为SEQ ID NO:91、重链可变区框架分别为SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90的scFv;

3) 为优化溶解性和稳定性,在SEQ ID NO:90基础上进一步引入增加溶解性而不影响稳定性或结合活性的三处特定突变的重链可变区框架序列。

由此可见,实施例只验证了轻链框架序列为SEQ ID NO:1和91,重链框架序列为SEQ ID NO:89、90以及90基础上的突变体(V12S+V103T+L144T)的亲和力和可溶性能

同时说明书也记载,在上述重轻链可变区框架中通过功能性共有序列分析鉴定出了9个关于抗体稳定性的突变位点,但是至于这9个突变对抗体亲和力或者溶解性的影响没有提供更多的数据。

综上,实施例只证明了,抗体框架区中特定突变位点和特定突变类型能够分别改善抗体溶解性或稳定性,没有证明抗体的亲和力只和抗体CDR序列相关而完全不受框架区序列影响,也没有证明上述特定位点就是影响抗体溶解性和稳定性的关键氨基酸位点,即只要保证抗体框架区中上述位点是上述突变类型,抗体就能有相应的可溶和稳定性能。

不能合理预期其他框架区变体的功能

抗体或其片段的结合特性以及稳定性、可溶性都与其结构有关,抗体的框架区具有支持CDR、维持可变区三维结构的稳定性的作用,框架区氨基酸的突变可导致抗体或其片段的空间结构发生改变,进而对其稳定性、可溶性产生影响。

在权利要求已经限定具有特定亲和力这一功能的基础上,虽然进一步限定了框架区的突变为保守氨基酸置换,但是本领域技术人员仍然无法确定框架区中除上述特定氨基酸位点和特定氨基酸突变类型之外的其他改变将会对抗体的结合特异性、稳定性和可溶性产生何种影响,包含何种框架区变体的抗体仍然具备稳定、可溶并且具有≤1nM的针对TNFα的KD是难以预期的。因而,权利要求1中包括了申请人推测的内容,而其效果又难以预先确定与评价,权利要求1得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。

总结

在结构+功能特征限定的权利要求类型中,功能特征需要一定程度上能够替代“未限定的结构特征”所起的作用。这么做带来的一个常见的问题就是,功能特证是否涵盖了除“未限定的结构特征”之外的“其他范围”?这个多涵盖的“其他范围”是否能够得到说明书支持

我们认为关键在于功能特征与“未限定的结构特征”相对应,即通过说明书记载内容能够合理推断出:想要具有该功能特征,就是需要抗体具有上述“未限定的结构特征”

在本申请中权利要求1限定“具有特定亲和力参数”这一功能特征,想要涵盖具有固定CDR、与母本框架区不超过4个氨基酸突变的多个框架区变体组成的抗体,权利要求中“未限定的结构特征”为特定框架区序列。但是根据实施例证明的数据来看,我们并不能推断出:要具有≤1nM的针对TNFα的KD的抗体,一定会具有哪些框架区序列,或者框架区中哪些固定氨基酸残基。由此可见,利用功能特征来替代部分结构特征时,实施例部分应尽可能考量功能与结构的关系,围绕抗体结构代表的普遍功能特征展开。

另外,本申请中发明点在于通过突变框架区特定位点得到稳定、可溶的特异性结合TNFα的抗体,要能够合理预期包含实施例未证明的框架区变体的抗体也具有相应的稳定性和可溶性,应着重展开描述上述特定位点就是影响上述功能的关键氨基酸位点。

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