Monte Rosa Therapeutics, Inc. 是一家临床阶段生物技术公司，致力于开发高选择性小分子分子胶降解剂 (molecular glue degrader，MGD)，用于治疗肿瘤、自身免疫性疾病和炎症性疾病等领域的重症患者。。
根据协议，Monte Rosa 的科学家将应用其专有的、基于人工智能/机器学习（AI/ML）的 QuEEN 发现引擎来发现和开发降解剂，并由诺华进一步开发和商业化。
蛋白质驱动着体内几乎所有的生化反应，许多疾病源于细胞内蛋白质活性异常。细胞内和细胞表面的蛋白质是极具吸引力的治疗靶点。然而，目前仍有约75%的人类蛋白质仍然无法通过传统的小分子抑制剂进行靶向治疗。
靶向蛋白质降解可由两类小分子介导：MGD（分子胶降解剂）和 PROTAC（靶向蛋白水解的嵌合体）。蛋白质降解的优势之一是通过从细胞蛋白质组中持久但可逆地去除目标蛋白质，有可能获得更大的治疗益处。
MGD 是基于小分子的蛋白质降解剂，旨在修改 E3 连接酶的结合特异性，从而可以利用人体自然的蛋白质破坏机制来选择性消除治疗相关的蛋白质。
Monte Rosa 的 QuEEN（Quantitative and Engineered Elimination of Neosubstrates，新底物的定量和工程化消除）发现引擎整合了AI 引导的化学设计、丰富的化学库、结构生物学和蛋白质组学，以理性设计具有选择性的分子胶降解剂。最初的项目正在利用 cereblon 作为 E3 连接酶系统来标记靶蛋白，并扩展至其他 E3 连接酶或将 MRD 设计为抗体偶联物。
QuEEN 发现引擎以靶点为中心并以高度迭代的方式来发现和开发 MGD 药物。其构建方法如下：
系统地识别靶蛋白上的降解决定子和其他表面特征，其可能促成三元复合物形成并被 E3 连接酶降解；
了解如何使用基于小分子的 MGD 重新编程内源性 E3 连接酶的表面；
合理设计可优化至高效价、高选择性且具有良好药理特性的 MGD。
例如，针对蛋白质靶标的 MGD 发现和开发的过程为：降解决定子识别、MGD 匹配物识别、计算优化、一轮化学蛋白质组学验证、化合物库修改、再迭代，直至达到所需的选择性和降解效果。
MRT-6160 是一种高选择性、口服生物利用度 VAV1 导向的分子胶降解剂，正在开发用于治疗免疫介导疾病。VAV1 是一种 Rho 家族鸟嘌呤核苷酸交换因子，在 T 细胞和 B 细胞受体信号转导和活性中发挥关键作用。尽管 VAV1 是经临床前验证的可减弱 T 细胞和 B 细胞活性的靶点，但仍未出现针对此靶点的小分子抑制剂。
MRT-6160 是首创的 VAV1 分子胶降解剂。MRT-6160 通过一个新鉴定的非典型降解决定子与 VAV1 和 cereblon 形成强三元复合物，该决定子是通过我们应用 QuEEN 发现引擎技术发现的，并具有高度的选择性。
据Monte Rosa披露，其专利策略以“平台 + 管线”的方式进行保护，涵盖 MGD 候选产品及其各种用途，以及 QuEEN 发现引擎。
截至 2024 年底，其保护 QuEEN 的专利组合包括：三件 PCT 申请、四件在审的美国专利申请、一件美国临时专利申请和一件在审的欧洲专利申请，最早预计到期日为 2042 年。
PCT/US2022/050275家族涉及用于识别各种蛋白质中的降解决定子的方法，包括机器学习模型。
PCT/US2022/050242家族涉及基于蛋白质表面特征鉴定可被 E3 连接酶机制靶向的靶蛋白的方法。
PCT/IB2022/050276家族涉及鉴定 cereblon 的候选底物蛋白的方法。
PCT/US2022/032117家族描述了一种包含E3 连接酶底物受体（比如：cereblon 蛋白）和邻近标记酶的融合蛋白，用于检测 E3 连接酶和靶蛋白之间的调节剂依赖性相互作用。
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