反义寡核苷酸药物—Mipomersen
Mipomersen（商品名：Kynamro®）是载脂蛋白B-100（apo B-100）合成的寡核苷酸抑制剂，于2013年获得FDA批准用于治疗纯合子型家族性高胆固醇血症（HoFH）患者，以降低体内低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C），载脂蛋白B（apo B），总胆固醇（TC）和非高密度脂蛋白胆固醇（非HDL-C）的水平。
Mipomersen是一种反义寡核苷酸，特异性靶向人apo B-100的mRNA编码区（GenBank：NM_0003841，3249-3268），通过酶介导的途径导致mRNA降解，或者通过单独结合而破坏mRNA功能，从而抑制apo B-100蛋白（LDL及其代谢前体VLDL的主要载脂蛋白）的合成。
Mipomersen的结构设计
Mipomersen钠是一种合成的寡核苷酸钠盐，与inotersen类似，是一种gapmer设计（5-10-5 gapmer），核苷酸之间通过的硫代磷酸酯（PS修饰）连接，长度为20个核苷酸，具有以下序列：
5’-GMeCMeCMeUMeC AGTMeCTGMeCTTMeC GMeCAMeCMeC-3’
化合物的5’端和3’端分别有5个具有2’-MOE修饰的核苷（见下图R基团），中间部分为10个2’-脱氧核苷，在胞嘧啶（C）和尿嘧啶（U）碱基的5-位上被甲基取代（Me）。
Mipomersen最初由Ionis开发至临床2期，后先许可给Genzyme，并于2016年卖给了Genzyme（由其子公司Kastle Therapeutics负责商业化）。
Mipomersen相关的专利家族
修饰技术相关专利家族：
针对gapmer设计，Ionis拥有涵盖第二代MOE gapmer反义药物的美国专利US7015315B1（预计将于2023年到期）。
针对2’-MOE修饰技术，Ionis获得了美国专利US7101993B1（1992年递交，有效期预计到2023年）。
宽泛医药用途家族—PCT/US2002/024247
PCT/US2002/024247家族中US7407943B2涉及一种宽泛的使用反义化合物调节载脂蛋白B的医药用途。
具体为：使用长度为12至30个核碱基的反义化合物，且化合物靶向编码载脂蛋白B的核酸序列（SEQ ID NO: 3），4个独立权利要求（权利要求1-4）中限定的用途有所区别，分别为抑制人细胞或组织中载脂蛋白B表达、降低人的血清胆固醇水平、降低人中脂蛋白水平或降低人的血清甘油三酸酯水平的方法。
这4个权利要求限定的反义化合物具有共同的特征：
反义核苷酸靶向编码载脂蛋白B的核酸序列（SEQ ID NO: 3）；
未直接限定反义核苷酸的序列或修饰；
反义化合物的长度为12至30个核碱基。
因此，满足上述所有特征且具有特定治疗功能的反义化合物都会落入权利要求的范围中，具体为：
SEQ ID NO: 3（GenBank：NM_0003841）为人载脂蛋白B的RNA序列，长度是14121个核苷酸，包括多个不同的靶位点，所以权利要求可以涵盖靶向SEQ ID NO: 3不同区域的长度为12至30的反义核苷酸。可见，权利要求涵盖了相当多的反义化合物，比较难以规避。
实施例中记载了寡核苷酸的合成方法并设计了一系列具有gapmer结构且靶向SEQ ID NO: 3不同区域的寡核苷酸，并在细胞和动物水平上证实了其抑制载脂蛋白B的表达等效果，以支持权利要求的范围。
Mipomersen活性成分专利—US7511131B2
US7511131B2一共有三个独立权利要求，分别从结合区域、核苷酸序列和/或其修饰等特征进行限定。
权利要求1保护一种长度为20-30个碱基的反义寡核苷酸或其药学可接受的盐形式，限定了反义寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：247核碱基序列的核碱基序列。
从权利要求1的限定特征来说，其涵盖具有1) 包含SEQ ID NO：247核碱基序列且2) 长度为20-30个碱基的反义寡核苷酸，经比对发现，mipomersen的核碱基序列即为SEQ ID NO：247。
“1. An antisense oligonucleotide 20 to 30 nucleobases in length, or a pharmaceutically acceptable salt form thereof, wherein the antisense oligonucleotide has a nucleobase sequence comprising the nucleobase sequence of SEQ ID NO:247.”
权利要求16限定更为具体，范围更小且对产品的保护更精准：1) 长度为20个核苷酸；2) 具有如SEQ ID NO：247所示的核碱基序列；3) 具有5-甲基胞嘧啶、PS修饰和2’-MOE修饰的gapmer结构的反义寡核苷酸。
“16. An antisense oligonucleotide 20 nucleotides in length having the sequence of nucleobases as set forth in SEQ ID NO:247 and comprising 5-methylcytosine at nucleobases 2, 3, 5, 9, 12, 15, 17, 19, and 20, wherein every internucleoside linkage is a phosphorothioate linkage, nucleotides 1-5 and 16-20 are 2′-O-methoxyethyl nucleotides, and nucleotides 6-15 are 2′-deoxynucleotides, or wherein said antisense oligonucleotide is a pharmaceuticallv acceptable salt form thereof.”
权利要求20最为宽泛，主要是结合区域的功能性特征限定，涵盖：1) 长度为12至30个核碱基；2) 与SEQ ID NO：3（GenBank accession number NM_000384.1）完全互补；3) 与SEQ ID NO：3中3230-3287的核苷酸特异性杂交的反义化合物，或其药学上可接受的盐。
“20. An antisense compound 12 to 30 nucleobases in length and fully complementary to SEQ ID NO:3, wherein said compound specifically hybridizes to the range of nucleotides 3230-3287 as set forth in SEQ ID NO:3, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.”
US7511131B2的同族专利US7803930B2则涵盖特异性结合SEQ ID NO:3中另一区域5562-5625的反义化合物。
寡核苷酸药物的专利特点
寡核苷酸的结构特点是一组核苷酸，核苷酸的磷酸、核糖和含氮碱基都可以进行修饰以提高其成药性或功能，从机理上讲，寡核苷酸通过碱基互补配对原则结合靶标，这与传统小分子和抗体都不同，换句话说，当靶核苷酸区域确定之后，寡核苷酸的碱基也是确定的。
从mipomersen的专利中可以看出，寡核苷酸通常限定以下特征：结合区域、碱基序列、核苷酸修饰，这与寡核苷酸的结构和功能特点是密切相关的。
核苷酸的修饰（包括磷酸、核糖和含氮碱基）对于寡核苷酸药物的性质和功能有很大影响，这类特征与传统的小分子药物类似；碱基序列特征又与大分子药类似；靶核苷酸特征具有其独特之处，因此，寡核苷酸的专利保护会更加错综复杂，这给专利撰写和分析工作都增加了难度。
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